宏大、壮阔的游戏剧情一向是风色幻想系统的优良传统，同样地这一次风色幻想６延续前作有欢笑、泪水的冒险活剧模式，再搭配全景过场动画和地图人物细腻的演出，将再一次带您体验最为深刻的动人历险旅程。此外为了感谢玩家对于风色幻想剧情的赞赏与建议，首度导入『羁绊对话系统』，让玩家自由选择想要谈心的伙伴，在这个模式下，玩家可以了解到伙伴角色的真正个性、以及不同于在主线剧情中的内心剧情，随着玩家对于游戏中伙伴角色的选择，将可能会影响到游戏结局后的剧情方向！

在支线任务方面，风６的支线事件数量是风色幻想５的两倍之多，同时玩家在接洽支线任务的时候，不会存在着一个章节必定流失一项任务的遗憾。这一次游戏章节的进展将由玩家自行决定，当章节主要剧情结束之后，会有一段自由任务时间给玩家自由运用，原则上玩家可以前往主角的据点接洽支线任务，或者是想要了解游戏的重要剧情，这时候请按下据点接口中的『休息』钮，那么目前的自由任务时间便会结束，自动前往下一段章节剧情段落。不过建议玩家不要忽略这小小不起眼的支线任务，因为 风６在支线任务、事件的奖赏设定上，也变得比风色幻想５更加丰富，倘若玩家只单纯进行主线剧情的攻略，那么游戏中那些强大、珍贵的称号与装备就可能与您无缘啰～